In particolare a Cisano (una frazione di Bardolino) sono stati rinvenute tracce dell'antichissima civiltà palafitticola del basso lago di Garda. La presenza umana non è mai mancata nella zona di Bardolino ma, per averene tracce scritte si deve arrivare all'alto medioevo. A Bardolino i reperti dell'epoca romana sono abbondanti. Tra questi spicca un curioso monumento funerario eretto da un uomo a sé stesso mentre era ancora in vita. Si narra delle visita sopra Malcesine di re Pipino ai santi Benigno e Caro, in uno di quei viaggi il re destinò all' abbazia di San Zeno di Verona, la chiesa di San Zeno e tutte le sue pertinenze.
Fra l'859 e l'856 vi fu una disputa fra Verona e i paesi del lago. I paesi veronesi del lago divennero una unica entità amministrativa con sede a Garda. È del IX secolo l'edificazione del primo castello, autorizzato da Berengario al fine di costituire mezzi di difesa contro le invasioni, permesso accordato a tutte le comunità del lago. A Bardolino il castello si ingrandì fino a costituire con gli Scaligeri un unico fortilizio per tutto il paese.
Nel XII secolo Bardolino è un comune autonomo, e risale al 1222 la costituzione - comune a quasi tutti i centri del lago - dei diritti di pesca riservati alle famiglie dei pescatori del luogo.
Durante il medioevo e le epoche successive, Bardolino seguì i destini della città di Verona e divenne il centro della marina veneziana sul lago di Garda. Bardolino nel 1526 fu saccheggiata e subì il rapimento di propri abitanti a fini di riscatto da parte dei lanzichenecchi (soldati mercenari di fanteria del Sacro Romano Impero, che combatterono tra la fine del XV e l'inizio del XVII secolo. Erano in maggioranza luterani, furono spinti nella loro azione anche dall'odio verso il papato romano). Sotto gli austriaci Bardolino divenne il capoluogo del distretto che raggruppava tutti i comuni veronesi rivieraschi. Nel Bardolino 1848 insorse alle truppe austriache credendo nella vittoria dei piemontesi. In seguito Bardolino subì la rappresaglia austriaca fatta di incendi, saccheggi e fucilazioni.
Tra i principali monumenti di Bardolino va sicuramente citata la Chiesa di San Zeno che è senz'altro una delle più belle chiese Carolingie in Italia. La chiesa di San Zeno di Bardolino fu tra le poche lasciate intatte dal terremoto che nel 1117 distrusse gran parte dei monumenti della zona di Verona.

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